Die Nordwestschweizer Regierungskonferenz definiert je für die zweijährige Dauer einer Präsidentschaft ihr Arbeitsprogramm. Das Arbeitsprogramm beinhaltet die Hauptanliegen der Konferenz und der regionalen Fachdirektorenkonferenzen für diesen Zeitraum und legt folgende Punkte für die Jahre 2009 - 2011 fest (Zusammenfassung):

• Wirtschaft: Stärkung des Wirtschaftsraums Nordwestschweiz, Zusammenarbeit und Koordination in den Bereichen Innovationsförderung, Standortpromotion, Wissens- und Technologietransfer (WTT), neue Regionalpolitik (NRP) sowie Förderung der Abstimmung und Vertretung von gemeinsamen Positionen.
• Verkehr: Weiterentwicklung des öffentlichen Verkehrs, des S-Bahn-Netzes, der Schienenanbindung der Region sowie Gewährleistung der angemessenen Berücksichtigung der Interessen der Region bei Bahnentwicklungsprojekten des Bundes, namentlich im Rahmen der kommenden Bahn 2030.
• Naturgefahren: Vorbereitung eines interkantonalen Hochwasseralarmsystem an der Birs zur Sicherung von Siedlungen und Verkehrswegen.
• Umweltschutz: Erarbeiten der Grundlagen für eine Harmonisierung im Bereich der Vollzugskonzepte für den Umweltschutz in der Landwirtschaft.
• Gewässerschutz: Überführung des Regionalen Entwässerungsplans Birs (REP) in ein IEM (Integrales Einzugsgebietsmanagement und Umsetzung des im Rahmen des REP erarbeiteten Massnahmenkatalogs.
• Oberrheinkooperation: Auf Basis des strategischen Positionspapiers der Nordwestschweizer Regierungskonferenz soll die Zusammenarbeit im Oberrheinraum vorangetrieben werden. Das Positionspapier dient zudem als Handlungsgrundlage für das Schweizer Präsidialjahr in der Oberrheinkonferenz.
• Gemeinsames Auftreten: Stärkung der Interessenvertretung gegenüber Bund, anderen Regionalkonferenzen, der KdK und den Regionen.